관세청은 수출업체의 자금지원을 위하여 수출용원재료에 대한 관세의 환급민원처리기간을 대폭 단축하고 환급민원서류도 간소화하는 등 관세환급제도 개선안을 마련하여 2006년 10월16일부터 환급사무처리에관한고시를 개정·시행하기로 했다.

관세환급제도란, 수출업체가 원재료를 수입하여 수출물품의 제조·가공에 사용한 경우 원재료 수입시에 일단 관세등을 납부하고 물품 수출후에 수입원재료에 대한 관세등을 되돌려 받는 것으로 수출업체 지원을 위하여 1975년7월1일부터 시행해 오고 있으며, 2005년도에는 1만8476개업체에 2조3384억원을 환급했다.

관세청의 이번 조치는 종전 EDI시스템과 병행하여 2005년10월 인터넷으로도 관세환급신청이 가능한 시스템을 도입하는 등 환급관련 업무처리환경이 크게 개선됨에 따른 것으로 기초원재료납세증명서 등 6개의 환급관련 신청서의 민원처리기간이 최장 7일에서 당일(또는 즉시)로 대폭 단축되며, 세관에서 전산으로 확인이 가능한 서류는 앞으로 제출할 필요가 없게 된다.

기초원재료납세증명서는 수입업체가 원재료를 수입하여 제조·가공후 타 업체에게 양도하는 경우 공급물품에 포함되어 있는 관세등의 납부세액을 증명하는 서류이다.

관세청은 환급심사대상을 축소하여 환급업체 및 일선세관의 업무부담은 완화하되, 부정환급 우려가 있는 외항선 유류공급업체에 대한 환급관리는 강화키로 하였으며, 일선세관에서 서류로 관리하고 있는 환급관련 업무대장을 모두 폐지하여 전산시스템으로 관리토록 하는 등의 개선안을 마련하여 시행할 예정이며, 이번 개선으로 수출업체는 신속·간편하게 환급을 받게 되어 환급신청 등에 따른 기업의 인적·물적비용의 절감효과가 기대되는 한편 세관에서는 부당환급 방지를 도모할 수 있어 일석이조의 효과를 가져올 것으로 내다보고 있다.